果たしてホイールアリゲイツくんは、ふかふか雲布団で寝ることができるのか！？
＜ストーリー＞
戦いは、終わらない。
シグマの反乱から半年後。一度は減少したかに見えたイレギュラーは増加の一途をたどり、各地でイレギュラーハンターの基地が破壊されるという事件が起こっていた。
その事件を起こしているイレギュラーは人工的に作られたイレギュラーであり、その制御チップには滅んだはずのΣ（シグマ）のマークが刻まれていた。
第17部隊の隊長となっていたエックスはそのイレギュラーを製造しているという基地の破壊に赴き、それに成功するが、さらに各地で特Aクラスのレプリロイドが反乱を起こした。その背後には、「カウンターハンター」と呼ばれる3体の謎のレプリロイドの姿があった。
一方、大破したゼロは頭脳チップが奇跡的に無傷であったが、ボディの修復はケイン博士にも不可能であり、基地にそのまま保管されていた。だが突如、首謀者であるカウンターハンターから通信が入り、「自分たちと一騎打ちを行え。もし、勝利したらゼロのボディを渡そう」という宣戦布告が行われた。
ゼロのボディの行方と、カウンターハンターの正体を突き止めるため、エックスは新たなる戦いに挑む。
この冬、Xは進化する。史上最大の戦いが今、始まる！！！
～ご挨拶～
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#ロックマンX2